ينقسم الموساد لعدة أقسام تعمل وفق استراتيجية أمنية محددة ومترابطة فيما بينها وهي:
قسم المعلومات:
ويحوي مجموعة من الأقسام الفرعية والوحدات، إذ تتلخص وظائفها في جمع المعلومات السرية والخاصة من مختلف المصادر واستقرائها وتحليلها ووضع الاستنتاجات والتقديرات بشأنها، ووضع تقييم وتقدير للموقف العسكري والسياسي والاقتصادي لدول العالم بشكل عام وخاصة العربية منها، وبشكل أكثر خصوصية من دول الطوق وإيران وباكستان والعراق (سابقًا)، تواجد المقاومين في خارج فلسطين (تركيا، سوريا، قطر، لبنان)، مرفقًا تقديراته بمقترحات وتوصيات حول القرارات الواجب اتخاذها والوسائل الواجب اتباعها في ضوء المعلومات السرية المتوافرة والرؤية الشاملة، كما يضم هذا القسم وحدة المعلومات العلنية والتي تقوم برصد مختلف لمصادر المعلومات التي ترد في النشرات والصحف والدراسات الأكاديمية والاستراتيجية في أنحاء العالم.
قسم العلميات:
ويتولى هذا القسم إدارة مجموعة من الأقسام والوحدات الفرعية كوحدة العلميات الخاصة، ويتولى وضع الخطط الخاصة بأعمال التخريب والقتل وتنفيذها.
قسم التجنيد والاختراق:
يتولى هذا القسم إدارة شبكات التجسس في كافة الأقطار الخارجية، وتجنيد العملاء وزرعهم، وتجنيد المندوبين في كافة الأقطار.
قسم الحرب النفسية:
يشرف على الخطط الخاصة بالحرب النفسية وتنفيذها مستعينًا بذلك بجهود الأقسام الأخرى، ويتبع لرئاسة الجهاز المباشر.
أما باقي الأقسام فهي باختصار:
الإدارة العامة.
قسم العمل السياسي الخارجي.
قسم البحوث.
قسم التكنولوجيا.
قسم التخطيط وتنسيق العلميات.
قسم الاعداد والتدريب.
